有感於聖嚴師父與法鼓山的悲願和理念，需要更多人積極參與並協助推動，在1999年8月，一群曾參加法鼓山社會菁英禪修營的學員們，於「圓滿1000」的因緣下，由聖嚴師父親自命名並正式組成了「法行會」。初期創始會員為　聖嚴師父親自主持的＂社會菁英禪三營＂參加者，由菁英禪修營總召集人鄭丁旺菩薩，出任第一屆會長，劉偉剛菩薩為執行長，同時也組成法鼓隊。2000年5月，法行會正式對外募集新會員，並召開幹部會議，建立組織章程架構，奠定了制度化的運作基礎。

中區法行會於2003年9月開始籌備， 2004年1月11日正式成立，由彭作奎菩薩出任第一屆會長，開始於中區建立組織，2008年由蔡瑞榮菩薩擔任中區法行會第三屆會長，八年多期間，正是寶雲寺籌建的重要階段。2016年10月2日新任會長卓伯源從卸任會長蔡瑞榮手中接下印信，象徵中區法行會邁向「護法揚善，共修力行」的新氣象。

卓伯源會長表示「我們要追隨師父足跡，向前邁進。」要提昇人的品質，禪修是很好的開始，法行會要發揮力量為社會服務。